2005년 해양수산부(현 국토해양부)가 발표한 자료에 의하면, 여자만 해역은 우리나라에서 갯벌의 생태가 가장 좋은 2등급 판정을 받았으며, 여자만 지역의 갯벌이 가진 생물종 다양성과 생태적 가치가 국가적 자연 자산으로서 충분한 가치가 있다고 인정되어 2003년 12월 26일 해양수산부(현 국토해양부)로부터 연안습지 보호구역으로 지정되었다.
여자만의 갯벌은 약 2,640㎡의 광활한 지역으로 전혀 훼손되지 아니한 자연 상태 갯벌에 다양한 생물상이 군집하여 살아가고 있으며 국제적으로 보호하고 있는 희귀 철새 도래지이다. 또한, 갯벌에 펼쳐진 약 99㎡의 갈대숲은 수산 생물의 서식지인 동시에 습지 생태계 유지의 핵심이며, 자연경관이 뛰어난 곳이다. 여자만의 뛰어난 경관은 예로부터 많은 예술가들에게 예술적 영감을 주기도 했으며, 수많은 사진 작품의 대상이 되기도 하는 등, 미학적 기능이 뛰어나다.