임진왜란 뒤에 질병퇴치를 자치적으로 해결하고자 선조 35년(1602)에 김각(金覺), 성람(成濫), 이준(李埈)이 설립한 사설의료기관이다. 존애원이란 이름은 중국 송나라 학자 정자(程子)의 ‘존심애물’에서 따온 것이라 한다.
존애원은 의료시설이 아주 적었던 당시 많은 약재와 시설을 갖추어 주민과 가난한 사람들을 치료함으로써, 다른 지방에까지 큰 자랑거리였다. 특히 의료활동뿐만 아니라 지역민의 화합를 위한 각종 행사도 치렀는데, 1607년부터 1894년까지 백수회(白首會)라는 경로잔치를 개최한 것은 특기할 만한 일이다.