독도는 서기 512년(신라 지증왕 13)이래 울릉도와 함께 우산국의 영토로서 우리의 역사와 문화권에 편입된 후 지금까지 면면히 이어져 온 우리의 고유한 영토이다. 과거의 독도는 바다 가운데의 작은 외딴섬으로 크게 주목받지 못했지만, 청정수역으로 알려진 오늘날에는 지질학적, 생태학적, 사회학적인 가치는 물론, 군사전략적 가치에서도 큰 의미를 지니고 있다.
독도박물관은 국내 유일의 영토박물관으로서 독도 및 조선해(동해)와 관련된 자료를 지속적으로 발굴, 수집, 연구하여 그 결과를 전시하거나 교육함으로써, 일본의 독도영유권 주장을 반박할 수 있는 자료와 이론의 토대를 구축하는 동시에 국민의 영토의식과 민족의식을 고취시키는데 건립 목적을 두고 있다.