고성 문암리 선사유적은 동해안에서 내륙 쪽으로 약 400m 떨어진 구릉지대의 남쪽사면 사구(沙丘)위에 형성되어 있는데, 인근에는 초기 철기시대의 유적이 분포하고 있어 여러 시기에 걸쳐 형성된 유적이다.
1998년 12월부터 1999년 3월까지 문화재청 국립 문화재연구소에서 전체 유적 중 약 200여평의 발굴조사를 한 결과 5개의 유물 포함층과 3개의 신석기시대 문화층이 퇴적되어 있음을 확인하였고, 3기의 주거지와 야외 노지 등 다양한 유구가 발견되었다.
한반도 동북지방과 중국의 동북 3성 지방, 러시아 아무르강 연안을 포함하는 동북아시아의 신석기 문화와 한반도 선사인의 원류 및 이동경로, 당시의 문화계통과 전파 정도 등을 밝히는데 있어 매우 중요한 유적이다.
문암리 선사유적은 고성 여행지 중 가장 정적인 곳이다.