손양원목사는 한센병 환자들을 위한 요양소였던 애양원의 애양원교회에서 구호활동과 신앙 활동을 펼쳤고, 1940년 신사참배를 거부하다 여수경찰서에 구금되었다. 1948년 여순사건 당시 장남, 차남이 안재선 등 폭도들에게 순교당하였으나 폭도인 안재선마저 그리스도의 사랑으로 양아들을 삼았으며 6.25 전쟁 때 모교에서 끝까지 남아 목회를 하다가 1950.9.13 공산군에 투옥되어 9.28일 여수시 미평동에서 순교당하였다.
손양원목사 순교기념관은 솔로몬의 부귀와 지혜보다 욥의 고난과 인내를 더 고귀하게 여겼던 손양원목사의 깊은 신앙심과 끝없는 사랑을 기리기 위하여 세워졌다. 기념관에는 성화 7점, 사진 액자 98점, 옥중편지 등 8점, 기타 유품 5종 100점을 소장하고 있다.
주변에는 손양원목사 기념비 및 3 부자 묘지, 모교로 목회했던 성산교회가 있어, 매년 전국에서 기독교 신자들의 순례 코스로 널리 알려진 곳이다.