신라 선덕여왕 8년(639)에 회정선사가 창건하여 정수사(精修寺)라 했던 것을 조선 세종 5년(1423)에 함허대사가 중창하고 정수사(淨水寺)로 고쳤다. 특히 건물 후면 공포는 건축 당시의 세부 건축형식을 가장 잘 보여주고 있고, 1957년 보수공사 중에는 숙종 15년(1688) 수리 당시 세종 5년 에 중창되었음을 보여주는 상량문이 발견되기도 하였다. 마니산 동쪽에 자리잡은 정수사는 전등사, 보문사와 더불어 강화에서 빼놓을 수 없는 사찰 중의 하나이다. 이 곳은 신라 선덕여왕 8년(639)에 회정선사가 마니산의 참성단을 참배한 후 이 곳 지형을 보고 불자가 가히 삼매 정수할 곳이라 하여 사찰을 세우고 정수사라 했는데 그후 함허대사가 절을 중수한 후 법당 서쪽의 맑은 물을 발견하고 정수(淨水)로 바꾸었다.