거창 구 자생의원은 의원동, 주택동, 병동이 동일 구조 및 일체화된 지붕으로 건축되었고, 주택동은 별도의 출입구와 마당을 두어 의원동과 분리되게 구성하였으며, 의원동에 접한 병동은 ‘ㄷ’자 형태의 툇마루로 별동의 단층병동과 연결되어 있다.
해방이후 건립된 지방의료시설로 의원, 주택, 병동 건축물 모두가 잘 남아있어 의료사적, 건축사적 보존가치가 높다.